{"openapi":"3.0.1","info":{"title":"Sting","description":"A API Sting é mais que uma camada de aplicação responsável pela interface entre o banco de dados STING_RDB e o front-end, uma vez que através dela usuários do mundo todo podem acessar os dados dos descritores físico-químicos e estruturais de qualquer estrutura proteica depositada no Protein Data Bank (PDB).\n\nThe Sting API is more than an application layer responsible for the interface between the STING_RDB database and the front-end since through it users from all over the world can access the data of the physical-chemical and structural descriptors of any protein structure deposited. in the Protein Data Bank (PDB).","version":"v1"},"tags":[{"name":"Descriptors","description":"Descritores são informações sobre as propriedades físicas, químicas, físico-químicas, geométricas e espaciais dos aminoácidos (e.g. energia de contatos, potencial eletrostático, hidrofobicidade, densidade, etc.) presentes em cada estrutura proteica depositada no PDB.\n\nDescriptors are information on the physical, chemical, physicochemical, geometric, and spatial properties of amino acids (e.g., contact energy, electrostatic potential, hydrophobicity, density, etc.) present in each protein structure deposited in the PDB."}],"paths":{"/health":{"get":{"tags":["Health"],"operationId":"getHealth","responses":{"204":{"description":"Resposta sem conteúdo, apenas para verificar o funcionamento da API."},"500":{"description":"Erro interno inesperado no sistema.\n\nInternal server error.","content":{"application/json":{"schema":{"$ref":"#/components/schemas/Error"},"example":{"status":500,"timestamp":"2022-05-24T02:20:56.196184789Z","type":"erro-de-sistema","title":"Erro de sistema","detail":"Ocorreu um erro interno inesperado no sistema. 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O número de contatos não utilizados estabelece um potencial de contatos, que não leva em conta o meio ambiente em que cada aminoácido está inserido.\n\nComparing the values ​​of the number of contacts established by each amino acid in all proteins present in the PDB, it is possible to calculate how many contacts were not established in relation to the maximum value found for the same types of amino acids and contact. The number of unused contacts establishes a potential of contacts, which does not take into account the environment in which each amino acid is inserted.","operationId":"find_1","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. 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The first character is a numeral in the range 1-9, while the last three characters can be either numerals (in the range 0-9) or letters (in the range A-Z in the Latin alphabet). 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Fatores de sobreposição com valores entre 0,8 e 0,75 são comuns nas estruturas obtidas por difração de raios X. Fatores de sobreposição igual a 0,7 seria um choque estérico relativamente menor, enquanto valores iguais ou menores que 0,65 seriam mais graves, indicando possível erro no modelo estrutural.\n\nSpace clash is a measure of the steric clash that occurs between amino acids. Often, the measure for steric shock is an overlap factor, which is calculated as the ratio of the distances between the two centers of atoms to the sum of their Van der Waals radii. This overlap factor will be less than 1 if the two spheres penetrate each other. This happens, for example, in an arrangement of hydrogen bonds. Overlap factors with values ​​between 0.8 and 0.75 are common in structures obtained by X-ray diffraction. 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O somatório das energias livre de hidratação dos átomos que compõem o resíduo r e os átomos na vizinhança de r, normalizado pela soma das áreas relativas acessíveis ao solvente de todos os átomos considerados, fornece a energia de solvatação do resíduo r.\n\nThe solvation energy corresponds to the energy between the atom bonds of the solute and the solvent. The free energy of hydration of the i-th atom of an amino acid residue is calculated as the product of its experimentally determined atomic solvation parameter and the relative solvent accessible area (relative ASA). The sum of the free energies of hydration of the atoms that make up the residue r and the atoms in the vicinity of r, normalized by the sum of the relative areas accessible to the solvent of all the atoms considered, provides the solvation energy of the residue r.","operationId":"find_6","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. O primeiro caractere é um numeral no intervalo 1-9, enquanto os últimos três caracteres podem ser numerais (no intervalo 0-9) ou letras (no intervalo A-Z no alfabeto latino). Planos para um sistema de código de identificação expandido que lida com mais entradas foram anunciados.\n\nEvery molecular model (atomic coordinate file) in the Protein Data Bank (PDB) has a unique accession or identification code. These codes are always 4 characters in length. 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O Cα-CENTROID é o vetor do átomo Cα de um resíduo de aminoácido para o centro de massa de uma região específica (esfera sonda), e o Cα-LHA é o vetor do átomo Cα ao Último Átomo Pesado desse mesmo resíduo de aminoácido.\n\nThe side-chain orientation is calculated for each amino acid residue in a protein chain as an angle formed between two vectors: Cα-CENTROID and Cα-LHA. The Cα-CENTROID is the vector from the Cα atom of an amino acid residue to the center of mass of a specific region (probe sphere), and the Cα-LHA is the vector from the Cα atom to the Last Heavy Atom of that same amino acid residue.","operationId":"find_7","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. 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Resíduos de aminoácidos que se encontram próximos de átomos de um ligante, considerando um valor máximo entre suas distâncias, são considerados como LPR’s, enquanto resíduos de aminoácidos que estão próximos de moléculas de água cocristalizadas com a estrutura são considerados WCR’s.\n\nProteins can interact with other molecules of different natures, such as water molecules. The Ligand Pocket Residue (LPR) and Water Contact Residue (WCR) descriptors describe such interactions. Amino acid residues that are close to atoms of a ligand, considering a maximum value between their distances, are considered LPR's, while amino acid residues that are close to water molecules co-crystallized with the structure are considered WCRs.","operationId":"find_16","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. 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Utiliza-se como conjunto de vértices os resíduos de aminoácidos da proteína, sendo o conjunto de arestas definido de duas formas: utilizando-se contatos interatômicos previamente calculados ou considerando-se resíduos de aminoácidos que se encontram próximos, respeitando uma distância máxima pré-estabelecida entre seus carbonos-α.\n\nProtein chains can be represented as undirected graphs where the set of vertices is composed of the amino acid residues or the atoms of a protein chain, while the edges of the graph represent interactions between these residues or atoms. 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Portanto, em um determinado ponto do espaço é possível calcular o potencial eletrostático devido às cargas presentes nas macromoléculas ao redor deste ponto.\n\nThe atoms that make up the amino acids of proteins can, under certain conditions, present an electrical charge, which interacts with other charged regions of the protein itself or with other molecules and/or ions in its environment. Therefore, at a given point in space, it is possible to calculate the electrostatic potential due to the charges present in the macromolecules around this point.","operationId":"find_24","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. O primeiro caractere é um numeral no intervalo 1-9, enquanto os últimos três caracteres podem ser numerais (no intervalo 0-9) ou letras (no intervalo A-Z no alfabeto latino). 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Dessa forma, busca-se captar não somente resíduos conservados através da entropia relativa de cada resíduo, mas também nano ambientes conservados através da densidade de entropia relativa dentro das esferas sondas.\n\nThe entropy density descriptor employs a probe sphere of radius r, centered on the α- and LHA-carbons of each protein residue, and calculates the entropy density within the sphere by adding the relative entropy of the residues within the sphere and dividing it by the volume of the probe sphere. Thus, we seek to capture not only conserved residues through the relative entropy of each residue but also conserved nano environments through the relative entropy density within the probe spheres.","operationId":"find_25","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. 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Thus, for each residue, considering only one probe sphere, there are 4 attributes for this descriptor, as internal contacts (between residues of the same chain) and external contacts (between residues of different chains) are considered separately. For this work, only the internal contact descriptors and sphere of radius 3 to 7Å were used, with an increment of 1Å (pre-calculated values ​​present in the STING_RDB), totaling 10 attributes for the Contact Energy Density.","operationId":"find_26","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. O primeiro caractere é um numeral no intervalo 1-9, enquanto os últimos três caracteres podem ser numerais (no intervalo 0-9) ou letras (no intervalo A-Z no alfabeto latino). Planos para um sistema de código de identificação expandido que lida com mais entradas foram anunciados.\n\nEvery molecular model (atomic coordinate file) in the Protein Data Bank (PDB) has a unique accession or identification code. These codes are always 4 characters in length. The first character is a numeral in the range 1-9, while the last three characters can be either numerals (in the range 0-9) or letters (in the range A-Z in the Latin alphabet). 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O DSSP (Define Secondary Structure of Proteins) é um algoritmo que define as estruturas secundárias.\n\nUnlike tertiary structure, the secondary structure does not define specific three-dimensional positions of amino acid residues, but rather local conformations of a group of residues that interact with each other to form different structural combinations. Among the most commonly found are alpha helices, beta sheets, and loops. DSSP (Define Secondary Structure of Proteins) is an algorithm that defines secondary structures.","operationId":"find_28","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. O primeiro caractere é um numeral no intervalo 1-9, enquanto os últimos três caracteres podem ser numerais (no intervalo 0-9) ou letras (no intervalo A-Z no alfabeto latino). 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Esponjicidade soma o volume ocupado por cada átomo. Esse volume é então subtraído e normalizado pelo volume da sonda esférica, resultando em uma medida do espaço vazio no nanoambiente de cada resíduo.\n\nThe local density of each amino acid is calculated using a spherical probe approach. For each residue, a spherical probe of radius r is centered on the α-carbon or on the LHA. The masses of the atoms inside the spherical probe are added and divided by the volume of the spherical probe. Twenty variations of this descriptor are calculated, using different radii for the spherical probe (from 3 to 7Å, with an increment of 1 Å), centered on two different atoms, and distinguishing between isolated chains and in protein complexes. Sponjicity sums the volume occupied by each atom. 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Para atribuir valores aos resíduos de aminoácidos de cada proteína, realiza-se o cálculo da curvatura média considerando-se apenas os resíduos na superfície da proteína (curvatura > 0). Considera-se ainda cada cadeia isoladamente e em complexo, sendo que cada resíduo possui dois valores de curvatura.\n\nThe curvature is defined at the atomic level, that is, each atom of the protein is assigned a curvature value corresponding to the region where it is located on the surface of the molecule, with a negative value assigned to atoms in concave regions, positive for atoms in concave regions. convex and the value zero to the buried atoms (present inside the protein). To assign values ​​to the amino acid residues of each protein, the average curvature is calculated considering only the residues on the surface of the protein (curvature > 0). 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The Blue Star STING platform differentiates 14 types of intra- and inter-chain contacts and 12 more types of contacts between protein chains and DNA/RNA molecules, which are stored in its database at the atomic level, that is, it has information about which pairs of atoms are making contact and the energy equivalent to the type of contact.","operationId":"find_35","parameters":[{"name":"pdbCode","in":"path","description":"Cada modelo molecular (arquivo de coordenadas atômicas) no Protein Data Bank (PDB) possui um código de acesso ou identificação exclusivo. Esses códigos têm sempre 4 caracteres. O primeiro caractere é um numeral no intervalo 1-9, enquanto os últimos três caracteres podem ser numerais (no intervalo 0-9) ou letras (no intervalo A-Z no alfabeto latino). Planos para um sistema de código de identificação expandido que lida com mais entradas foram anunciados.\n\nEvery molecular model (atomic coordinate file) in the Protein Data Bank (PDB) has a unique accession or identification code. These codes are always 4 characters in length. The first character is a numeral in the range 1-9, while the last three characters can be either numerals (in the range 0-9) or letters (in the range A-Z in the Latin alphabet). 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Por exemplo, a maioria dos programas de gráficos moleculares permite colorir seletivamente porções identificadas da molécula – por exemplo, selecionar todos os átomos de carbono e colori-los de verde, ou selecionar um determinado aminoácido e destacá-lo.\n\nATOM is used to identify proteins or nucleic acid atoms. Each atom is identified by a sequential number, a specific atom name, the name and number of the residue to which it belongs, a one-letter code to specify the chain, its x, y, and z coordinates, and an occupancy factor and temperature. This information gives you a lot of control when exploring the structure. 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The first character is a numeral in the range 1-9, while the last three characters can be either numerals (in the range 0-9) or letters (in the range A-Z in the Latin alphabet). 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